Resiliation bail commercial par le locataire

Je suis gérante d'une petite SCI comprenant 4 bureaux dont un loué un à une SARL depuis mai 2007.
Ce locataire exerce aussi un emploi à l'étranger.
Dans un mail adressé en juin 2017 il m'indique venir en France au mois de juillet 2017 et veux me rencontrer car il a l'intention de résilier son bail.
Il devait m'adresser un courrier en ce sens.

Or, je ne reçois aucun courrier officiel et le mois de juillet a passé sans aucune nouvelle du locataire.
Je pensais qu'il avait renoncé à la résiliation
Je lui envoie donc courant septembre 2017 la facture le loyer du 4ème trimestre.
Là il m'envoie un mail me disant qu'il venait en FRANCE le 21 septembre pour déménager ses affaires et voulait un RV le samedi 23 septembre pour me rendre les clés.
Après conseil auprès de mon notaire qui m'a déclaré que le loyer ayant été payé jusqu'au 30/09/2017 j'avais intérêt a faire la résiliation de ce bail par rupture conventionnelle et que de vouloir faire valoir mes droits (le bail courait jusqu'en Mai 2020) allait me coûter très cher en frais d'huissier, d'avocats etc.... et que je ne serai jamais payée.
Je ne sais pas comment établir ce contrat de résiliation puisque celle-ci vient de sa propre initiative.
Est-ce que le mail reçu fait preuve en la matière ?
Et pourrais-je garder le dépôt de garantie ? bien que sur les factures figure un appel de fonds pour les charges, les décomptes de celles de 2016 ne sont pas terminés et 2017 n'est pas encore comptabilisé. Et compte tenu que l'appel de fonds Est au plus juste il y a parfois des soldes débiteurs.
Merci pour vos conseils et surtout suis-je tenue d'établir moi-même ce contrat de résiliation et ou trouver un modèle si possible gratuit.

Cordialement