Erreur sur le contrat de professionnalisation

Bonjour,

Je viens vers vous car je suis un peu perdu, j'effectue un BTS MUC en alternance chez KILOUTOU, le contrat que j'ai signé prend fin le 31/08/2017 or, informatiquement il est noté que je termine le 04/07/2017,

Je compte continuer en BAC +3, dans la même entreprise, cependant, mon responsable veux me refaire un contrat avec un début le 05/07/2017, sachant que sur mon contrat de professionnalisation il est noté fin du contrat le 31/08/2017, et je ne veux pas signer un nouveau contrat alors que le miens n'est pas terminé,

Mon responsable m'a dit que les dates qu'ils avaient en informatique étaient celle convenu avec l'école, j'ai donc appelé mon école qui m'as dit que l'école ne négocie pas pour le jeune, c'est au jeune alternant qui est considéré comme salarié de signer SON contrat et de plus, les informations que l'école ont, correspondent bien a mon contrat de travail que j'ai signé,

Je voulais savoir ce qu'il fallait que je fasse de mon coté je suis un peu perdu...

Merci d'avance et désolé pour les fautes d'ortographes,