Agence ne veut pas rendre trop perçu

Bonjour,
Je vous contacte parce que j'ai besoin d'aide assez urgemment!
En effet, j'ai emménagé en février 2016 dans un appartement, la CAF à encore eu du retard ce qu'il fait que l'agence (ayant demander de tout recevoir) a reçu l'indemnisation des mois précédents, ce qui correspond à une forte somme ( 1600€).
Je déménage le 1er novembre et j'ai demandé a l'agence de me rendre les 1000€ le jour de l'état des lieux de sortie, qu'ils me doivent encore, puisque la CAF à continuer d'envoyer les apl à l'agence.
L'agence m'a donc clairement répondu qu'ils ne me rendrait pas cet argent avant 2 mois et que s'il y avait des travaux dans l'appartement, ils me les defalquerait de cette somme. Sachant qu'ils ont encaissé mon chèque de caution, et que ces 1000€ ne sont que des loyers en avance. A-t-elle le droit de faire ça? D'autant plus que dans le mail envoyé, le propriétaire de l'agence m'a expressément menacé, et m'a implicitement dis que je ne reverrai jamais cet argent...
Aidez moi s'il vous plaît!!!