Alternance et horaire au travail

Bonjour,

Aujourd'hui j'ai un petit problème avec ma boîte et je ne sais pas si je suis dans mon droit.


Alors voilà je suis en Alternance (2ème année) et sur mon contrat de travail il est écrit 35h par semaine et rien d'autre.
Dans l'entreprise il y a un papier stipulant que les horaires de l'entreprise sont 9h-12h 14h00-18h00. Mais comme je mange sur place j'ai demandé si je pouvais reprendre à 13h pour ne pas rester sans rien faire pendant 1h30.

Donc depuis le début de mon alternance je fais 9h-12h 13h00-17h00.
Premièrement est-ce que mon contrat de travail qui ne stipule aucune horaire spécifique (mise à part les 35h/semaine) est prioritaire sur les "horaires de l'entreprise" et suis-je tenu de respecter ses horaires ?

De plus cet été j'ai fait des heures supplémentaires et mon patron m'a clairement dit que les jours où je n'avais rien à faire (en alternance c'est parfois le chômage technique) je pourrais partir plus tôt où même tout une après-midi.

Ces derniers temps je n'ai rien à faire et on me refuse le droit de partir avant 17h.
Je suis donc allé voir mon maître de stage afin d'en discuter.

Je voudrais donc savoir si je suis dans mes droits en demandant de partir plus tôt les jours où je n'ai rien à faire pour rattraper mes heures supplémentaires (pour lesquelles je n'ai pas été payé bien-sûr) ou si l'entreprise peut me forcer à faire ces horaires (jusque 18 h) qu'elle ne m'a jamais fait respecter avant.

Merci d'avance pour vos réponses cela m'aidera sûrement !