Déclaration fin de travaux modification permis de construire

Bonjour, 
Nous sommes sur le point de faire notre déclaration de fin de travaux (habitation principale). Cependant nous avons fait des modifications par rapport au permis déposé. Nous envisageons de faire une demande de modification de permis. Mais nous devons par ailleurs très rapidement déposer aux impôts un dossier de defiscalisation avec cette déclaration de fin de travaux. La modification du permis risque d'être longue (? 2 mois ? )et serons hors délai pour les impôts. Que vous conseillez nous?