Frais transports en communs réclamés après démission

Bonjour,
Mon employeur n'a jamais payé sa part de transport en commun pendant les 4 mois 1/2 de ma période salariée. Les justificatifs (Navigo) avaient été présentés au gérant-employeur mais ignorés.
Les bulletins de salaires m'ont été fournis seulement après mon départ et après les documents de fin de contrat, les frais de transports n'y figurent pas. J'avais été payée par chèque et n'ai pas toutes les traces...
Je n'ai pas signé le solde de tout compte, et j'envisage de le contester.
Questions :
1/ Je pense que je peux tout-de-même encaisser le chèque, mais je dois prévenir le gérant-employeur que je ne peux accepter formellement le solde de tout compte ?
2/ Puis-je encore espérer récupérer ces frais ?
3/ Par qui pourrais-je me faire aider ou représenter pour faire le point et contester dans une TPE dont le gérant-employeur s'est désintéressé et a cédé ses parts ? Il n'est joignable que par portable, et je suis très mal-à-l'aise...