Congés et jour de repos

Bonjour,

Je suis en apprentissage et j'ai école tous les lundis et mardis. Le mercredi, le jeudi et le samedi je suis en entreprise. Le VENDREDI est pour jour de REPOS (en plus du dimanche) pour que le total d'heures travaillées (école + entreprise) fasse 35h.

J'ai été à l'école comme d'habitude puis j'ai eu le reste de ma semaine de libre, déduit de mes congés payés.
En temps normal ma patronne ne me compte que 3 jours de congés payés (ne comptant pas mon jour de repos du vendredi puisque j'ai été à l'école, donc je ne prends pas une semaine de congés entière).
Mais ce mois-ci sa comptable (qui fait nos fiches de paie) m'a déduis 4 jours de CP (donc elle a pris en compte mon vendredi, en plus du mercredi, jeudi et samedi).

Je voudrais savoir si elle a le droit de compter 4 jours au lieu de 3 ???

Si j'avais eu mon repos tous mes mercredi la question ne se serait même pas posée, mon congé aurait commencé le jeudi. Alors pourquoi faire une différence avec un jour de repos en milieu de semaine travaillée ? Y a-t-il un texte de loi qui puisse m'aider ?

Merci :)