Procédure irrégulière salarié protégé

Bonjour,
Je suis en cours de licenciement pour inaptitude et je suis salarié protégé.
Lors de mon entretien avec l'inspecteur du travail pour l'enquête contradictoire, ce dernier m'a dit qu'il allait refuser le licenciement pour non respect de la procédure (délai non respecté entre lettre de convocation et entretien préalable, pas de lettre de non reclassement et l'employeur m'a dit que le licenciement été décidé lors de l'entretien).
Ma question est : l'employeur est-il en droit de recommencer la procédure suite au refus de l'autorisation de licencier ou doit-il me réintégrer ?
Merci.