Arret de travail : Travail salarié et non salarié

Bonjour,

Voilà cela fait maintenant 3 ans que je suis autoentrepreneur mais aussi salarié à temps plein depuis 2 ans. Je travaille en Alsace donc je possède le régime Local soit un maintien de salaire normalement et sans jour de carence.

Cependant je viens de recevoir un courrier de mon employeur en me disant que je ne suis pas rattaché à une caisse sociale donc ils ne peuvent pas maintenir mon salaire et me payer mon arrêt de travail et que j'aurais une retenu sur salaire.
Donc ils vont me sucrer 11 jours d'arrêt soit 924 €.
Le problème le RSI ne paye pas et ma sécu ne paye pas. Alors qui paye mon arrêt ?
Je cotise au deux !