Frais km au réel, indemnisation partielle et à cheval 2013-2014

Bonjour,
mes frais kilométriques (entre 150 et 200 km / jour AR) ne sont que partiellement pris en charge par mon employeur, donc je vais tous les déclarer au réel : en justifiant une distance domicile-travail supérieure à 40 km par un emploi précaire en CDD, est-ce acceptable? ou est-que seuls 40 km x 2 seront pris en compte?

Ces indemnisations partielles sont clairement notées sur mon bulletin de paye (et donc prises en compte dans mes revenus imposables) : dois-je soustraire ces indemnisations une fois que j'aurai fait mon calcul des frais à déduire?

et 3èm question; ces indemnités mensuelles (qui varient selon les lieux de missions où mon employeur m'envoie) sont versées avec deux mois de décalage. Ainsi, en janvier et février 2014, j'ai touché des indemnités pour des km effectués en novembre et décembre 2013 ; cela a-t-il une incidence? que déclarer?
Je suis perdue....un grand merci à l'âme chaleureuse qui me répondra...