Arret de travail et inaptitude

Bonjour,
J'ai eu rvv avec la médecine de travail le04 mars 2014 et le 21 mars 2014 j'ai été déclarée inapte à mon poste j'attends donc des nouvelles de mon employeur pour reclassement (semble impossible)ou entretien de licenciement.le 26mars j'ai du subir une intervention chirurgicale par rapport à cette inaptitude avec un nouvel arret de travail de 45jours. Mes questions :ce nouvel arret de travail va t-il interfère dans la procédure de licenciement , et vais-je être rémunérée Ij pour cet arret de travail par rapport à mon inaptitude , c'est un peu confus pour moi .merci de vos réponses