Paiment de mes heures supplémentaires

Bonjour,
Responsable de plateforme chez un prestataire depuis maintenant 6 ans, j'ai proposé à mon employeur de mettre fin à mon contrat par le biais d'une rupture conventionnelle. Suite à une période de 6 mois nécessitant mon investissement plus que de raison, ma volonté était de ne plus me retrouver dans pareille situation.
Au total de juin à janvier 2014, c'est 893,90 heures supplémentaires que j'effectue.
Une fois arrivé en janvier 2013, période de fin du rush annuel et des inventaires le clôturant, j'informe mon employeur que je souhaite mettre fin à mon contrat par le biais d'une rupture conventionnelle.
J'effectue un premier entretien avec mon chef direct au cours duquel je fais part de mes attentes : Le paiement de mes heures supplémentaires (sous forme de prime ou non et non majorées) et le paiement de mes congés d'été annulés. Il m'ait alors annoncé que je n'obtiendrai pas plus que mon indemnité de rupture conventionnelle minimum.
J'effectue un deuxième entretien avec cette fois ci avec mon chef direct et mon directeur général au cours duquel je fais part des raisons de ma décision. Conclusion, rien de plus que le minimum légal ne me sera concédé, je les informe alors que je risque donc de les attaquer et/ou démissionner.
Les éléments de preuve des heures effectuées sont :
- Relevés de mise en et service et hors service de l'alarme effectués avec mon code personnel.
- Mouvements de stock dans les logiciels faits avec mon code personnel. (Chaque déplacement de marchandise dans l'entrepôt, chaque paramétrage est horodaté dans une base donnée appelée « mouvements de stock ».
- Mails effectués la nuit (dont certains à mon chef et mon directeur général).
A noter, sur 7 années chez mon employeur, pas plus de 14 heures supplémentaires payées, mais des primes exceptionnelles ou de bilan régulières (1 à 2 fois par ans) pour me dédommager des heures supplémentaires effectuées.
Ma tentative de demande de rupture conventionnelle ayant échouée, je souhaiterais maintenant obtenir le paiement de mes heures supplémentaires. Je suis sur le point d'envoyer un courrier avec A/R circonstancié à mon employeur détaillant chaque période d'heures supplémentaires et l'informant que sous quinze jours je saisirai les autorités compétentes (copie URSAFF et inspection du travail).
Passé ce délai et si mes heures supplémentaires ne m'étaient pas payées ou au minimum acceptées, j'enverrai à mon employeur un nouveau courrier avec A/R lui demandant de prendre acte de la rupture de mon contrat de travail pour des faits fautifs qui lui sont imputable, suite à quoi je lancerai une procédure en référé auprès du conseil des prud'hommes.

Je souhaiterai maintenant savoir si les démarches que je prévoie d'effectuer sont bien les plus adaptées à la défense de mes droits et mon objectif de rapidité de jugement. Je souhaiterai aussi être informé des moyens potentiels pour mon employeur de retarder la procédure et de ne pas me permettre de bénéficier de mes allocations chômages calculées sur la base de mes heures normales et heures supplémentaires effectuées.
Merci de votre aide,