En cas d'inaptitude

Bonjour à tous,
j'ai bientôt 55 ans et en arrêt de travail depuis le 25 janvier 2012, mon premier arrêt de travail est dû à une reconnaissance de maladie professionnelle dont j'ai subi une opération de l' épaule et un arrêt jusqu'au 3 avril 2013. La médecine du travail ma déclare inapte à mon poste de travail, non pas pour mon épaule en totalité mais parce-que je souffre depuis quelques mois alors que je suis déjà en arrêt d'un genou qui par le passé en 78 /80 1992 et 1993 à subit plusieurs opérations et qui au départ 1978 est un accident de trajet reconnu en accident du travail de mon ancien employeur avec qui j'ai bossé presque 8 ans. Pour ma seconde boîte, 'y suis depuis 1982 jusqu'à aujourd'hui. Alors dés le 3 avril 2012, je fais une demande en compte d'une rechute d'un accident du travail à la SS et en attendant une réponse, je suis en arrêt maladie et 2 mois plus tard environs, une reconnaissance d' accident du travail de la part de la sécu. Aujourd'hui j'ai subit une opération de ce genou et une prothése totale est mise en place milieu octobre, donc je suis toujours en arrêt du travail mais je pense à mon retour qui d' aprés le chirurgien interviendra vers mars/avril 2014. La question dont je me pose c'est que si je ne suis pas reconnu apte à mon poste de travail auparavant, chose qui pour toi va arriver j'en suis sur vu le dégraissement effectué dans mon entreprise depuis ces 4 derniéres années, alors je ne me fait pas d'illusion, qu'elle sera les indemnités dûs qui me seront versé. Je vais avoir bientôt 32 années de service.
Merci d'avance.