Réserves sur facture acquittée

Bonjour. Voilà ma question et merci de votre aide.
Je viens de faire faire un travail par un artisan, et ce travail donne droit à crédit d'impôt.
Il s'avère que si je ne règle pas la facture total du travail effectué avant le 31 décembre de cette année, je n'aurais pas droit à ce crédit pour l'année 2013.
Il s'avère aussi que ce travail n'est pas entièrement terminé, où tout au moins comme je le souhaite.
Donc je n'ai pas encore réglé toute la facture afin de peser sur l'artisan pour qu'il veuille bien terminer le travail.
Hors, je pense que ce travail ne sera pas fait avant le début de l'année 2014, ce qui ne m'arrange pas.
L'artisan me propose donc de finir de payer ma facture totale (Facture que je n'ai toujours pas reçu bien sûr) et d'inscrire dessus les réserves que je souhaite.
Ma question est donc: Ces réserves, une fois réglée définitivement ma facture et donc payée celle-ci, seront-elle valables devant un tribunal si les finitions demandées ne sont pas faites?