RUPTURE CONVENTIONNELLE

Bonjour,
Après presque 29 ans d'ancienneté mon employeur me propose une rupture conventionnelle à hauteur de 37 500.00 €.
Je reviens d'un arrêt maladie de 10 mois, du 3 mars 2010 au 6 Janvier 2010, donc mes congés payés ne m'ont pas été comptés à partir de Mai 2010.
J'ai un dossier de reconnaissance de maladie professionnelle qui est en cours, et dont je n'aurai la réponse que dans plusieurs semaines.
Si celle-ci est reconnue, comment doivent se régler mes congés payés depuis mai 2010 jusqu'à la date de la rupture conventionnelle, si celle ci a été signée.
Puis-je faire anoter une clause avant signature en ce qui concerne ces congés en fonction de la réponse de la sécurité Sociale concernant mon dossier de maladie professionnelle.
D'avance merci de votre réponse