Déterminer le débiteur de facture

Bonjour,
J'ai signé avec mon constructeur un contrat de construction le 23/07/08 pour une maison avec chauffe-eau solaire (CESI). En septembre 2008, j'ai validé le devis, donc le choix, de M S pour installer ce CESI (devis adressé au constructeur mentionnant « chantier de Mle D»). NB : Mle D, c'est moi.
Le constructeur a fait toutes les démarches concernant cette particularité (choix de l'artisan, mention sur le permis de construire, demande d'autorisation à la Mairie).
Il a reconnu implicitement s'en occuper car ce CESI est mentionné dans les réserves du PV de réception de la maison, dans l'accord amiable.
Il s'est même engagé par écrit à me rembourser l'acompte si la pose n'était pas effectuée avant le 31/03/10 (engagement non tenu malgré une pose les 12 et 13 août 2010).

Afin de prouver que ce CESI donnait droit au crédit d'impôt donc aux prêts spécifiques, M S a établi en 2009 des devis à mon nom.
A la demande du constructeur, j'ai versé en février 2010 un acompte directement à M S pour débloquer la situation. Là, j'ai tiqué car je n'avais pas à verser d'acompte puisque c'était compris dans la construction. Le constructeur a insisté et voyant que la situation s'enlisait, j'ai envoyé l'acompte à M S.

A la fin de son intervention, comme M S m'a remis sa facture, je lui ai rappelé qu'il devrait s'adresser directement au constructeur pour le règlement du solde. Je lui ai donc donné un courrier en ce sens (il devait adresser sa facture au constructeur qui devait m'établir la facture correspondante puis encaisser mon versement et payer ce sous-traitant). Je lui ai demandé de me tenir informée de tout problème, ce qu'il n'a jamais fait.

Pour débloquer cette situation ubuesque je l'aurais bien payé directement, mais si je l'avais fait, j'aurais versé environ 2 400 € de trop par rapport aux 95 % de la construction (car les réserves ne sont pas encore levées).
Or le constructeur dit depuis début septembre être d'accord sur le principe : il me rembourse le trop perçu puis je règlerai directement M S. Mais il ne donne jamais suite or M S attend son règlement.
Sinon j'estime que M S, sous-traitant, doit s'adresser au constructeur pour son règlement, qui m'établirait une facture de la différence entre ces travaux et le trop versé.

Maintenant, M S est prêt à engager des poursuites contre moi, et a même appelé directement mon supérieur pour se plaindre de mon absence de paiement !
Que puis-je faire ? Qui doit payer M S ?
Je pensais lui régler la somme qui ne posait pas de problème (donc qui me ferait atteindre les 95 %) mais est-ce que je ne ferais pas pencher irrémédiablement la balance dans le sens de ma seule "responsabilité" dans ces travaux ?

Merci pour votre aide, si possible argumentée.