Ouverture dans une dépendance non habitable

Bonjour,
Nous sommes propriétaires d'une maison ancienne et d'une dépendance non attenante, ancienne également, toutes deux situées sur un site classé. La dépendance est inhabitable (pas d'eau, pas d'électricité, ouvertures des plus vétustes) et parallèle à la maison principale (2 ou 3 mètres).
Nous avons restauré l'intérieur de la maison principale début 2000 et y vivons depuis. Aujourd'hui,nous aimerions ravaler l'ensemble et faire le gros oeuvre de la dépendance (reprise de charpente, chape, arrivées EN ATTENTE de l' eau, de l'électricité + évacuation) ; pour se faire, et faire en sorte que la dépendance soit assainie, il est nécessaire de changer les menuiseries et notamment procéder(pour des question de luminosité) à la transformation d'une porte et d'une fenêtre en baie vitrée donnant dans notre cour intérieure. L'objectif étant,non pas de la rendre habitable de suite mais de procéder à la réfection extérieure en tenant compte de notre projet à long terme, à savoir son aménagement intérieur en vue d'une chambre d'hôtes ou de gîte. Nous sommes totalement perdus quant au permis de construire sachant que nous nous limitons, sur le plan extérieur, à un agrandissement baie vitrée+ 4 velux + ravalement en pierres apparentes sur une dépendance qui restera inhabitable pour l'heure.
Peut-on se limiter à cela sans que l'imposition de notre surface habitable n'en pâtisse ? Est-il plus avantageux,à contrario et compte tenu du coût des travaux (environ 40 000 €) de relier les deux bâtiments afin de pouvoir bénéficier de la TVA à 5,5 % sur l'ensemble du gros oeuvre réalisé sur la dépendance ? Dans cette hypothèse la surface habitable augmenterait-elle sachant que la dépendance ne serait toujours pas habitable ? Je sais que ma demande peut paraître confuse,mais honnêtement, votre aide me serait des plus précieuses !!! en vous remerciant par avance