Arrét travail et calcul d'heure

Bonjour,
je vous explique mon petit souci , je travail en restauration et le mois dernier apres mon service du midi mon employeur m'a demandé d'aller voir mon medecin avant la reprise du service du soir cause etat grippal. bref, le medecin me fait un arret de travail de cinq jours.
ma question est : je 1er jours d'arret sur lequel j'ai bosser cinq heure , ne me sont pas payer , mon employeur me dit que cela est normal j'etait en arret et que les heure que j'ai effectuer le matin ne sont pas payer
cela est-il normale?
merci de vos reponses
comment un employeur calcule-t-il le nombre d'heure a deduire en cas d'arret de travail ?