Prise en charge en AT

Bonjour,
Suite à un AT en 1993 (soudeur en agro-alimentaire), ayant une reconnaissance travailleur handicapé, j'ai suivi une formation dans un centre de réadaptation professionnel pendant une durée de 30 mois à l'issue de laquelle j'ai trouvé un emploi dans la fonction publique. Je suis adjoint technique formation recherche.
Compte tenu de mes connaissances en soudage inox, ma contribution m'a été demandée pour faire des modifications sur des box de grandes tailles prévu pour acceuillir des chiens en transit d'hospitalisation.
L'administration à donc loué du matériel de soudage, mis à ma disposition un atelier et j'ai pu ainsi, le 7 octobre 2009, commencer les travaux de manutention, de tronçonnage, de meulage et de soudage.
Le 16 octobre, lorsqu'il m'a fallu installer et fixer les box terminés, j'ai commencé à avoir des douleurs dans les reins, le haut de la fesse, la cuisse et le mollet. J'ai été obligé d'interrompre ce travail demandé et de faire terminer l'installation par le personnel de l'entretien.
J'ai repris mes activités de laboratoire pensant que mes douleurs allaient s'estomper, mais il n'en a rien été.
Le samedi 7 novembre, n'y tenant plus, je suis allé consulter un médecin. Celui-ci a diagnostiqué une sciatique, m'a prescrit un traitement, un arrêt de travail, ainsi qu'une ordonnance pour un scanner des lombaires qui doit se faire le 13 novembre et je dois revoir le médecin le 14.
Ma question est la suivante: Puis-je me faire prendre en AT et qu'elle est la marche à suivre.
Je vous remercie de votre réponse.
Bien cordialement.