Fiche de paie - complément salaire suite à AT

Bonjour,
J'ai eu un accident de travail en juillet 2008 et je suis restée arrêtée six mois. Selon la Convention Collective 3116, mon salaire doit être égal à celui que j'aurai perçu si j'avais travaillé.
L'employeur n'a pas accepté la subrogation car disait-il je n'avais pas tout à fait un an d'ancienneté ( La sécurité sociale me conseillait en cas d'accident de travail de demandé la subrogation à mon employeur ). Cela aurait été beaucoup plus simple du fait que le salaire est maintenu en AT
Aujourd'hui, je me bas pour obtenir le complément de salaire et des fiches de paie en règle.

Mes fiches de paie sont un méli-mélo d'écritures comptables fantaisistes. J'ai eu un trop perçu puis il m'a établi une fiche de paie avec un solde négatif et le mois suivant une fiche de paie normale. De sorte qu'aujourd'hui je suis censée lui devoir de l'argent alors qu'à aucun moment il n'a comptabilisé les compléments de salaire sur les fiches de paie comme il aurait dû le faire. Ceci régulariserait d'un point de vue comptable la situation. Ce sont ces jeux d'écritures comptables fantaisistes qui posent problèmes.
Depuis plusieurs mois, je lui demande de me refaire les fiches de paie. Il s'engage à le faire mais ce n'est pas suivit d'effet.
J'ai écrit plusieurs mail à mon employeur non suivit d'effet. Je pense lui écrire une lettre recommandée et si cela ne bouge pas je serais contrainte de faire un dossier au prud'hommes.
Je suis a quelques années de la retraite et j'espère que cet incident ne me posera pas de problème.
J'aimerai trouver une autre solution, quelqu'un pourrait il m'aider. Je pense qu'ils sont en difficultés comptables.
Je pense que les logiciels de comptabilité des paies intègrent pour un accident de travail que la subrogation est automatique, de sorte qu'en refusant la subrogation c'est une comptabilité à l'ancienne qu'il convient de faire et là la compta rencontre des problèmes de compétence.
Est ce qu'une personne pourrait m'aider
Merci