Prélèvement loyer et aides au logement

Bonjour,

je loue un appartement via une agence immobilière depuis 3 ans. Depuis mon entrée dans ce logement le paiement du loyer est effectué chaque début de mois par prélèvement sur mon compte. Je perçois des aides au logement qui sont versées directement au bailleur depuis le départ également.

La somme prélevée sur mon compte correspond donc au loyer + charges - les APL et ce depuis 3 ans.

Seulement voilà, depuis août dernier ceux-ci ne tiennent plus compte des aides versées et prélèvent la totalité du loyer sur mon compte. Je suis obligée depuis 2 mois de leur demander des remboursements du trop perçu.
J'ai vérifié auprès de la caf, les aides leur ont été versées sans interruption au début de chaque mois. Par contre, il est possible qu'il y ait eu un décalage de deux jours en juillet.

L'agence se retranche derrière le fait que les APL du mois suivant ne leur sont pas versées le mois précédent.
Fin août, ils m'ont dit qu'ils n'avaient rien eu pour septembre (logique).

existe-t-il des textes de lois stipulant qu'ils n'ont pas le droit de se servir sur mon compte ?
j'ai trouvé des textes concernant l'obligation du locataire à payer son loyer mais pour le reste j'ai fait chou blanc.

existe-t-il également des textes afin d'appuyer le changement de mode de paiement du loyer ?
Je crains qu'ils ne fassent traîner.

Enfin, ils ont procédé en aout à une revalorisation de loyer, légale a priori, mais faite avec un mois de retard. J'ai été prévenue de la revalorisation de loyer mais pas du rappel qu'ils ont effectué pour le mois précédent.

Avaient-ils le droit de me prélever sans m'en avertir ?

Je vous remercie par avance d'avoir pris le temps de me lire, et pour vos réponses.