mon état des lieux doit se faire bientôt, celui-ci est-il réalisable/valide malgré le dégât des eaux et les dommages qu'il a pu engendrer ?
Oui, bien sûr.
Ne serait-il pas de facto "vicié" car défavorable me concernant puisque l'état de l'appartement est moins bon?
Non, puisque les dommages ne vous sont pas imputables; vous vous exonerez de votre responsabilité par le fait d'un tiers (votre voisin du dessus) cf art 7c de la loi de 89.
Les dommages au plafond (voire d'autres) seront notés sur L'EDL sortant et vous veillerez à ce que leurs description et origine soient clairement mentionnées.
des lors, aucune retenue ne pourra être faite sur vitré dépôt de garantie à ce sujet.
il appartient à l'assureur du bailleur (ou au seul bailleur s'il a commis l'imprudence de ne pas s'assurer) de s'occuper des réparations.