Achat de véhicule de société

Bonjour,
j'ai fait l'achat d'un véhicule de société neuf acheter en mai 2016 , dernièrement j'ai eu la visite d'un contrôleur fiscal , il c'est aperçu que le véhicule possède 5 places assise , que je suis redevable de la TVA et de la Tvs.
Je ne connaissait pas le réglement au niveau des utilitaires concernant les places .
J'ai acheté ce vehicule neuf sans avoir subi de transformation , le garage (grande enseigne) a facturer le kit de transformation de 990 euros , sans faire de transformation , j'ai quand même demander si y'avait pas de risque , en me répondant non je suis parti comme ça.
J'en ai parler au contrôleur qu'il m' a demandé une attestation sur l'honneur que j'ai immédiatement faite .

Il c'est retourner vers le concessionnaire , qu'il lui atteste par courrier que la transformation avait été faite, et que comme il s'agit d'un véhicule de tourisme , il me donne les composants du véhicule si je le demande.

Chose que je n'ai pas faite .

Comment puis-je recourir à ce problème?
Un expert Automobile peut-il détecter que je n'ai pas effectuer le changement et qu'il est comme à l'origine ?

Merci pour votre aide