Passage à temps partiel, calcul des indemnités de congés

Bonjour,
J'ai un CDI à 40% mais du 27 juin 2018 au 27 juin 2019 j'ai remplacé une collègue partie en congé maternité et j'avais donc un avenant au contrat de 60% supplémentaires: donc je travaillais à temps plein.
Fin juin, ma collègue est revenue à temps partiel et j'ai signé un nouvel avenant de 20%, ce qui fait que je travaille depuis début juillet à 60%.
A réception de mon salairede juillet, alors que j'étais en Congés Annuels, j'ai perçu mon salaire pour 91 heures de travail correspondant à mon temps partiel.
Sauf que ce sont les congés que j'ai cumulé sur la période de référence durant laquelle j'exercais à temps plein, j'ai donc demandé ma rémunération à temps plein.
Ma direction m'assure que mon taux de travail sur la période de référence n'a rien à voir avec mon salaire et que j'ai eu mes 2,5 jours de congés comme tout le monde.
Il me semble pourtant logique que mes congés, correspondant aux jours cumulés sur du temps plein me donnaient droit à un salaire équivalent, et que le temps partiel commencé au 2 juillet entrait dans la période de référence pour l'année 2019/2020.
Sur les textes du code du travail je l'ai également compris ainsi.
Je vous serais extrêmement reconnaissante si vous pouvez me dire ce qu'il en est et si je dois insister auprès de ma hiérarchie ou non.
Avec mes remerciements anticipés,
Mona.