Bâtiment agricole sans permis de construire

Bonjour

Je vais acheter un bien dans 10 jours.
Un compromis de vente à été signé dans les délais.
Durant le temps des 2 signatures, j'ai bien fait les recherches standard pour voir si le bien n'a pas de problème : inondable, naturel, agricole...
Tout est en ordre, zone ub constructif...
Je suis au courant que l'électricité et l'assainissement n'est pas conforme mais j'avais déjà budgétiser le remplacement.
Le bien est constitué de plusieurs terrains, une maison et ses dépendances.
Voilà le problème qui vient de m'arriver.
Hier, comme la signature approche, j'avais juste encore un question à soumettre à la mairie. Je voudrais exercer dans une des dépendances une activité professionnel.
C'est une bâtisse agricole mais je peux déposer une demande de changement d'usage pour en faire un atelier.
Pas de problème car ce n'est pas une demande pour faire une habitation.
Elle a été construite, il y a plus de trente, sur un terrain ub donc pas de problème car ce n'est pas sur une zone agricole.
M'installer en tant que professionnel ne pose pas de problème non plus.
Par contre, en faisant une recherche plus approfondi, un gros soucis apparaît sur la dépendance.
Elle est bien sur le plan cadastral mais apparemment elle n'existe pas car il n'y a pas eu de demande de permis de construire.
A l'urbanisme, on me dit que je peux faire une demande de permis de construire pour régulariser la situation.
Ça a l'air simple, mais j'ai un gros doute en plus budget non prévu pour un permis au moins 3000 euros.
Je viens d'envoyer par mail, au notaire que, à la signature finale, je voulais avoir les documents légale sur les constructions du bien conforme.
Donc à ce jour, le notaire et la propriétaire, suite à ce mail, sont au courant qu'il va y avoir un problème et qu'il n'y a pas eu de permis de construire.
Déjà, gros doute sur les recherches du notaire concernant le bien.
Je sais qu' ils n'existe pas donc si pas de documents lors de la signature, est ce que je signe quand même ? Le délai de rétractation est passé donc je vais perdre de l'argent ?
La demande de permis de construire, délai deux mois. Comment me protéger pour ne pas qu'on m'oblige à la démolir entre deux ?
Merci de me répondre au plus vite.