Formation en alternance

Bonjour,
Ma fille âgée de 16 ans était en alternance.
Au bout de 3 semaines, le patron a décidé de mettre un terme au contrat.
Il lui a payé ses heures sous forme d'acompte, sans avoir au préalable édité la fiche de paie.
Maintenant il lui réclame un trop perçu.
Sachant que l'erreur vient de lui, doit-elle rembourser ce qu'on lui demande ?