Double paye ijss et employeur

Bonjour,
en AT depuis le 14/09 et ayant 20 ans de maison mon employeur me complète toujours mon salaire
suite a un problème lié a mon employeur(mauvais horaire de travail transmise) mon AT n'a été reconnu qu’après passage en commission le 25/10
j'ai perçu mon salaire sept oct et nov sans problème
mais surprise je reçoit de la cpam des IJ pour la période du 31/10 au 28/11 alors que mon salaire à été maintenu (=>double paye secu/patron)
contact avec la cpam qui m'indique que mon employeur a supprimé la subrogation pour la période de mon AT
j'ai reçu a nouveau des IJ pour les 15 jours de décembre
fin décembre je vais toucher mon salaire plein (sur et certain)
le problème est au niveau des impôts ou je vais avoir a déclarer beaucoup plus (12000€) avec des frais réel très diminués (- 20%)
qui va régulariser cette situation?et comment?
j’attends fin décembre et ma FdP pour contacter mon employeur?
merci de vos réponse
cordialement