Contester fiche horaire remplie par un apprenti mineur

Bonjour,
mon fils apprenti mineur en boulangerie, s'est vu demander par sa patronne de rectifier la feuille de présence du mois de septembre, en marquant qu'il faisait 5h30 au lieu de 6h00 de boulot, pour justifier de soit-disant pauses de 30 mn qui n'ont jamais été prises, ou en tous cas jamais au delà de dix minutes. Elle lui a fait signer et il n'a pas compris ce que cela impliquait étant donné qu'il a une reconnaissance en qualité travailleur handicapé et qu'il n'a pas compris qu'il aurait dû refuser .Bien sûr maintenant, comme elle a payé les heures soit disant non effectuées elle lui demande de les rattraper sur le mois d'octobre ce que nous trouvons scandaleux,car elle sait que notre fils n'a pas la capacité de se méfier et que les pauses ne sont pas de 30 mn en plus! et que bien qu'interdit il bosse six jours sur sept, parfois huit jours de suite!
Peut-on contester cela et demander pourquoi on a obligé notre fils à écrire des choses inexactes et aussi refuser qu'il rattrape ces heures? merci de m'aider car ce problème est bien spécifique et j'ai beau avoir écumé la convention rien ne le dit vraiment, cordialement