Prélèvement différent du solde à payer de l'avis d'échance

Bonjour,
Je suis étudiante, et j'avais cette année un appartement dans la résidence étudiante de mon école. J'ai quitté ce logement avant la fin du mois de juin (l'école nous laissant le choix dans la date de départ), et j'ai donc payé un loyer correspondant à la somme figurant sur mon avis d'échéance. Cette somme était donc le loyer diminué des APL que je touche normalement chaque mois. Le problème est que si l'on quitte un logement avant la fin du mois on ne bénéficie pas des APL (ce dont je n'ai jamais été mise au courant par l'école). Ainsi, la somme figurant sur l'avis d'échéance, que j'ai donc payée n'était pas la bonne. L'école m'a par la suite prélevé l'écart entre le vrai loyer et la somme que j'avais payée.

Mais je me demandais comment, au niveau de la législation, cela était il possible d'avoir à payer une somme différente de celle figurant sur l'avis d'échéance.