Congés maternité

Bonjour, je suis salariée en CDI dans une société depuis plus d'un an et enceinte. Mon congés maternité sera de mai à septembre 2016. Mon patron n'ayant trouvé aucune personne compétente pour me remplacer, il a proposé que je travaille pour lui pendant mon congés maternité à temps partiel (hors période des 8 semaines obligatoires où il ne faut pas que je travaille), ma question : est ce que je perds mes allocations qui me seront versées par l'assurance maladie ?
Merci de vos réponses