Conditions de départ qui me laissent dubitatif...

Bonjour tout le monde !
Voilà, je me pose quelques questions, là.
J'étais le premier locataire d'un appartement neuf, d'une résidence neuve.
Equipé d'une chaudière gaz à condensation neuve.
J'y suis resté en 2013, en 2014 et de janvier à juillet 2015.
J'ai laissé l'appart dans un état nickel.
L'entreprise qui gère cet appartement me dit « il est méga propre, nous vous restituons l'intégralité de votre caution ».
Cool.
Mais.
« Mais malheureusement après régularisation des charges locatives de copropriété, de votre consommation d'eau et des ordures ménagères, nous arrivons à un total dû de 488,75 €. »
Et « D'autant plus que je n'ai pas de justificatif de révision de la chaudière, l'avez-vous fait et quand ? Si vous ne l'avez pas fait depuis un an je vais devoir vous facturer en plus une révision de chaudière. »

Donc en gros :
- J'ai fait l'entretien de la chaudière 2013 et 2014 mais pas 2015 parce que je savais que j'allais partir, mais on me demande de quand même régler la facture (alors que mon bail s'est terminé en août)
- Je suis sensé payer un 13ème loyer de régularisation par an ? Il me semble qu'on peut pas mettre un loyer à « x prix » et dire la première année « ha ba non c'est pas assez cher pour couvrir les charges, du coup on touche pas le loyer et on vous envoie une facture de tout ce qui dépasse ». Moi, dans mon loyer c'était « CHARGES COMPRISES » ! Alors, dépasser un peu, pourquoi pas parce que ça reste une estimation, mais là je trouve ça abusé...
Vous en pensez quoi ? J'ai un peu l'impression de me faire avoir...
Merci beaucoup !!!
Cédric