Erreur fiche de paie

Bonjour, j'ai besoin d'un conseil, je suis salariée d'une association depuis 2004, j'ai été en congé parental de 2007 à nov 2011 quand je suis revenue de mon congé la date d'embauche a changée pour être nov 2011(le coef lui est bon), aujourd'hui l'association va être obligée de me licencier puisque la médecine du travail m'a mis inapte au poste, ma question est : cela va-t-il poser un problème pour le calcul de l'indemnité de licenciement? Merci d'avance.