Réhabilitation d'une grange en maison d'habitation principale

bonjour,
mon mari et moi avons fait l'acquisition d'une grange en ruine en 1994. Il y a plus de 10 ans nous avons reçu un courrier (je ne sais plus de quel organisme) nous prévenant que nous n'avions plus que 6 mois pour la couvrir. Passé ce délai, elle n'était plus rénovable. Nous avons pris la décision de faire un emprunt et de remettre une toiture neuve dans le but d'en faire un endroit de détente auprès de la rivière.
En 2008, ce projet a changé d'envergure dans le sens où nous avons fait un nouvel emprunt pour l'acquisition d'un moulin à eau qui se trouve être mitoyen de la grange. En tout honnêteté, nous avons cru que la grange devenant dépendance du moulin devenait habitable et que donc nous pouvions la rénover pour en faire notre résidence principale pour la retraite. Nous avons fait les travaux petit à petit, par nous-mêmes car nous n'avions pas les moyens de payer des professionnels. N'ayant autre voisinage que le moulin, nous avions fait quelques ouvertures dans cette grange sans penser que cela pouvait être interdit.
Le mois dernier, nous avons demandé à la mairie de empierrer le chemin communal qui descend au moulin car il n'est pas très carrossable. Ils sont effectivement venus mais uniquement pour faire des photos et nous ont répondu par courrier que l'état du chemin n'était pas leur préoccupation et qu'ils exigeaient que la grange revienne à son état initial car elle n'avait pas reçu sa réhabilitation en maison d'habitation...
Est-ce que la mairie peut nous forcer à murer nos fenêtres ?
Est-ce qu'elle peut nous interdire d'habiter la grange ?
Qu'avons nous comme recours pour nous défendre pour obtenir la réhabilitation de la grange pour pouvoir y vivre à la retraite ?
je vous serais très reconnaissante de m'apporter vos lumières, vos conseils, votre aide.
Merci par avance.