Congés payés en moins?

Bonjour,

Je m'adresse à vous afin de m'aider à clarifier ma situation.
Je travail depuis le 3 mars 2012 dans la même structure qui ferme (pour des raisons de fonctionnement) 5 semaines entre juillet et août.
Ma première année de poste j'ai du prendre 16 jours de congés sans soldes n'ayant pas pu cotiser pour l'ensemble des CP nécessaires.
Ma deuxième année, j'ai eu le droit à un jour de CP en moins car j'ai pris des congés sans soldes et donc je n'ai pas cotisé pour l'ensemble des CP.
Jusque là, je comprends.
Mais voilà pour ma troisième année, je n'ai toujours pas le droit à tous les CP car j'ai pris des congés sans soldes la première année (c'est à dire 2 ans avant) ???!!!
J'avoue ne pas comprendre car depuis je n'ai pas eu d'autres absences.
D'après ce que j'ai pu lire au niveau légale les CP se cotisent du 1er juin de l'année précédente au 31 mai de l'année en cours.
Est-ce possible que la période précédente (donc 2 ans avant) joue sur l'année en cours? Pouvez-vous m'expliquer si mon employeur se trompe ou si c'est moi qui ne comprends pas tout?
Je vous remercie pour votre réponse.

Léa