Bourse à rembourser ou non ?

Bonjour,
Pendant l'année scolaire 2011/2012, je me suis inscrite en fac et ai perçu une bourse en 3ème année de licence en tant qu'handicapée.
Comme j'avais déjà réussi les examens du 1er semestre pendant l'année précédente, je n'avais pas besoin d'aller en cours.
Je n'ai donc pas effectué ce que l'on appelle l'inscription pédagogique (qui est différente de l'inscription administrative) à la rentrée de septembre 2011.
Ceci étant, je devais aller en cours pendant le 2ème semestre pour passer les examens et valider mon année.
Or, je suis tombée malade (j'ai une maladie chronique et suis invalide et c'est pourquoi j'ai une bourse également) au début du 2ème semestre et n'ai pas pû aller en cours et donc pas faire les inscriptions pédagogiques.

On a coupé la bourse en avril 2012 et on m'a écrit deux fois pour me demander de me justifier ce que je n'ai pas fait car trop souffrante.
On me demande maintenant par l'intermédiaire de la direction des finances de rembourser la bourse ce qui est impossible (3000€).

J'ai deux questions :

1) est-il encore temps de me justifier car j'ai des certificats médicaux ?
2) y-a-t-il prescription au bout d'un certain temps et si oui combien de temps ?

Merci pour vos réponses,