Trop-perçu après rupture de contrat

Bonjour,
Je vous explique rapidement mon cas. Pendant l'année scolaire 2011-2012 j'ai travaillé à temps partiel à l'université (39hr par mois, CDD de 6mois, payé au smic). Mon contrat se terminait le 30 juin. Après avoir posé un préavis qui a été accepté, j'ai arreté mon contrat en avance (le 8 juin).
L'avenant venant du RH au comptable a été traité en retard. Du coup j'ai été payé pour 39 heures au lieu de 10heures en juin. Je viens de recevoir un courrier recommandé (le 9 novembre) qui me réclamme un remboursement du trop-perçu.
Apparament l'université me devait 48 euro en juillet, mais cela a été retenue en guise de payement pour le trop-perçu. Par contre je ne le savais pas car on ma jamais envoyé de bulletin de paye pour juillet... Donc j'apprends que maintenant qu'il y a un trop-perçu restant de 225 euros.
Bien sur depuis que les 4 mois ont écoulé, j'ai déjà dépensé l'argent réclamé et remboursé cette somme me pose problème.
Je suis toute à fait d'accord qu'il y a eu un trop-perçu. Mais étant donné que le bulletin de paie de juin inclus le supplément de 10% en congés payés et qu'ils n'y a aucun décompte des heures sur le bulletin (c'est juste marqué "vacations juin 2012 576 euro") je n'ai pas remarqué l'erreur! En plus, ils ont retenue la somme de 48euro en juillet sans jamais me prévenir (pas de bulletin de paie, ni de lettre m'informant qu'il y avait un trop perçu...).
J'aurais pu gérer ce trop-perçu en juillet, mais plus de 4 mois après, ça cause un gros problème dans mon budget!!!

Pourriez-vous me dire quels sont mes droits? Si je peux contester? Si je peux demandé que le paiement soit étalé sur plusieurs mois? Ou réduire la somme dû? etc...

Merci beaucoup pour votre aide.