Quitter un cdd pour une formation

Bonjour,

Je suis en CDD jusqu'au 28/08/12, entre temps je me marie le weekend du 22/09/12, je suis donc en congés mariage du 19/09/12 au soir au 26/09/12 au matin, il me reste donc 3 jours à faire après mon mariage pour terminer mon contrat.
Entre temps j'ai eu un accord de formation de pôle emploi, pour une formation qui débutera le 24/09/12 et ce pendant 8 mois.
Avec accord du centre de formation je peux commencer ma formation le 26/09/12, mon employeur ne veut pas que je parte avant la fin de mon contrat, il me met une grosse pression.
Si je me mets en arrêt maladie ces 3 derniers jours, qu'en est-il pour ma précarité et mes congés payés?