DT refusée et travaux deja effectués.

Bonjour,
Alors je vais essayer d'être la plus claire possible puisque c'est une histoire compliqué.
nous avons acheté une maison avec travaux (en face d'une église) ne connaissant pas les lois concernant les déclarations et autres, je n'ai donc pas fait de dt tout de suite, nous avons fait changer les fenêtres qui donne face a la rue , posé des panneaux bois et portail fer après ca nous avons reçu une lettre du maire... blablabla! alors que nos voisins ont des fenêtres pvc de la même couleur qui donne sur rue, des panneaux bois identique aux notre.
L'architecte des bâtiments de France nous a dit de faire quelques modifications pour que tout soit ok, il nous a donc demandé de peindre les fenêtres du haut (je précise que ces fenêtres sont pourries mais nous n'avons pas les moyens de les changer pour le moment) nous les avons repeint comme prévu, dans la teinte qu'il nous a demandé...
Je prend rendez vous avec le maire qui nous dit de refaire une déclaration et comme elle connais notre dossier tout serais ok.
Seulement aujourd'hui j'ai reçu une lettre de la préfecture qui me donne jusqu'au 15 septembre pour remettre tout en état initial puisque la dernière déclaration a été refusée. Si je ne le fait pas on passera devant le tribunal.
Je les ais contacté ce matin et ils veulent bien me rallonger le délai puisque l'architecte qui s'occupe de notre dossier est en congé. Bref un gros bordel!
Voila, est ce que c'est déjà arrivé a quelqu'un ? qu'avez vous du faire?
J'en suis a un point ou j'ai juste envie de revendre cette maison! On a encore beaucoup de travaux a faire donc si en plus on doit faire un prêt pour changer des fenêtres neuves c'est le comble quand même!!

Que dois je faire???

Merci de m'aider.