Contrat alternance

Bonjour,
je suis en alternance depuis novembre 2011 à novembre 2012 dans une entreprise de menuiserie et de placo,étant donné que je travaille en menuiserie avec un vaurien de 34ans qui est un incapable , qui n'est apprécié que par l'employeur et sa femme et qui me cassait du sucre sur le dos, il m'était venu à l'idée de rompre le contrat car je me senteais très mal mais si je le faisais je perdais mes congès cotisés d'après un prof de pse (15jours) du coup je travailleais avec des plaquistes avec qui tout se passeait très bien mais récemment , lors d'une réunion au cfa, mon employeur a décidé de rompre le contrat ,dès le départ j'ai été d'accord ,cependant après réflexion et observation il y a des choses pas claires ,j'ai vu qu'il y avait un souci sur mon bulletin de salaire , le taux varie (monte , puis baisse) de plus j'ai demandé à des amis du cfa et de l'éduication nationale ce qu'ils en penseaient et m'ont clairement dit qu'il ne fallait pas que je signe la rupture du contrat. Quels sont mes droits, dois-je faire une rupture conventionnelle ou passer aux prdu'hommes?Qu'est-ce que je peux envisager? Si quelqu'un s'y connaît ou a déja vécu ce genre de situation. David