Mon agence est-elle en son bon droit?

Bonjour, j'ai un appartement en location depuis 2 ans maintenant auprès d'une agence immobilière connue. j'ai quelques questions auxquelles je ne trouve pas de réponses;

tout d'abord concernant 1mois de loyer qui n'as pas pu être prélevé par l'agence pour provisions insuffisantes; cela date de mi décembre...j'été absente jusqu'à ce jour et ai donc pris connaissance de leur courrier me demandant de payer sous 10 jours avant de transmettre mon dossier à un huissier. Premièrement est ce vraiment la procédure en cas de loyer impayé? ensuite après vérification de mes comptes bancaires je me suis aperçue que début janvier l'agence avait prélévé le loyer du mois en cours plus le loyer impayé du mois précédent. En ont-ils le droit? cela fait une grosse somme pour moi je ne m'y attendais pas et aurait aimé pouvoir les contacter pour eventuellement mettre en place un echelonnement de paiement, cet incident etant le tout premier en 2 ans!

Ma dernière question; depuis mon entrée dans l'appartement il y a un problème de chasse d'eau, le propriétaire était venu tenter de la réparer mais sans réels résultats. j'ai ensuite eu des problèmes de remontés d'odeur et d'humidité..là l'agence m'avait envoyé un "expert". celui ci à transmit un rapport à l'agence; reconnaissant le problème de chasse d'eau et mentionnant que l'appartement ne posséde pas d'aération (il ya une entrée mais pas de sortie). j'ai alors reçu un courrier de l'agence ou il est inscrit que les frais de réparation de la chasse d'eau sont à ma charge ou qu'il seront déduit de ma caution et qu'ils vont renvoyer un expert pour les travaux à effectuer quant aux problèmes d'humidité, d'aération... dois-je payer pour ce souci de chasse d'eau alors que le problème existe depuis de début, le propriétaire étant au courant?

d'avance merci de vos eclaircissements!