Quels sont les défauts des primes ?

Bonjour à tous !

Désolé pour ce titre peu explicite, mais j'aurais quelques questions concernant les primes et leur rôle au sein d'un salaire.

Voici ma situation : comme beaucoup d'autres, mon futur patron utilise des primes pour récompenser le rendement du travail de ses employés. Cependant, la part de ces primes fait parfois partie jusqu'à 50% du salaire ! Ainsi les employés ont un fixe correspondant au SMIC auquel se rajoute une part de 500 à 1000€ net de primes. Au final ils sont payé légèrement plus que la moyenne (de l'ordre de 100€).

Je suppose que cette technique doit être intéressante pour lui, surement moins de charges, mais qu'aurait à y perdre un salarié payé de cette manière ? Les primes rentrent-elles en compte pour la retraite ? Y'a-t-il des subtilités pour le calcul des impôts ?

Pour résumer, est-ce-que ce système de primes reste pour moi quelque chose de transparent (au final j'ai les même droits qu'avec un salaire fixe de la même valeur) ou est-ce que cela va en ma défaveur ?

Merci pour vos futurs conseils :)