Arrêt maladie pendant les congés payés

Bonjour,

Mon père s'est fait opéré durant ses congés payés sachant qu'il avait déjà prévu de le faire avant le début des congés.

Il a eu sa fiche de paye et il n'a pas eu les indemnités de congés payés. Ca a été comptabilisé comme un arrêt maladie et il a donc eu un salaire inférieur à celui prévu. Le patron va lui verser ,en compensation de la perte, une prime exceptionnelle.

Peut-il le faire ?

Merci beaucoup