Problème de révision du loyer

Bonjour,
Je viens vous voir suite à un problème lié à une révision de loyer. En effet, nous avons reçu une lettre de notre agence immobilière qui gère notre location. Ce courrier nous informe de la réévaluation du loyer au 31 aout 2009. Nous avions signé le bail le 31 aout 2006 et pendant ces trois années il n'y avait eu aucune réévaluation du loyer. Le courrier nous informe donc que le loyer va augmenter et qu'il va passer de 900 à 1011,67. Le calcul est détaillé: 900,00*117,59/104,61= 1011,67€
900 est l'ancien loyer
117,59 est l'indice insee au 2nd trimestre 2009
104,61 est l'indice insee connu au 31 aout 2006

Bref on trouve que cela fait beaucoup. En faisant le calcul de révision du loyer sur PAP, on a obtenu ceci:
Date Ancien loyer Indice Nouveau loyer Indice Variation
31/08/2007 900 104.61 926.24 107.66 26.24 € (+ 2.92 %)
31/08/2008 926.24 113.07 943.03 115.12 16.79 € (+ 1.81 %)
31/08/2009 943.03 115.12 964.16 117.7 21.13 € (+ 2.24 %)

* Nouveau loyer au 31/08/2009 : 964.16 €
* Pourcentage de variation : 7.13 %
* Variation : 64.16 €

Bref entre 1011,67 et 964,16 il y a une grande différence. Je reconnais que pendant trois ans le loyer n'a pas augmenté mais cela revient à un oubli de l'agence immobilière. Après calcul, on y gagne pour l'instant car il n'y a pas eu d'augmentation pendant 3 ans mais si au 31 aout 2010 il y a une réévaluation elle se basera sur un loyer élévé et non pas sur celui qu'il devrait y avoir. Bref à partir de là elle y gagnera. Nous ne savons pas ce que nous devons faire. Le proprio que l'on cotoie souvent, n'étais pas au courant et nous a dit de voir ça directement avec l'agence.