Congés payés VRP avances sur commissions

Bonjour, 

Je m'interroge sur le calcul de mon indemnité de congés payés.

Je m'explique ! 

Je suis sous statut VRP dans une entreprise de construction de maisons individuelles.

Je touche un fixe + des commissions sur ventes (40% a un instant T et 60% à un autre - plusieurs mois après).

Lorsque je vends, sur mon bulletin de salaires, les 40% de commissions sont en net.

Une fois les conditions pour percevoir les 60% autres, sur le bulletin de salaire est déduit en net les 40% perçus autrefois et est mit les 100% de ma commission (40% + 60%) en brut. 

Si je comprends bien, sur les 40% perçus ils ne déduisent pas les charges sociales, mais seulement lorsque je touche la totalité de la commission.

Viens, ma question.. sur la période de référence pour le calcul de mon indemnité de congés payés cela change-t-il quelque chose ou pas ? En prenant le total de mes lignes "TOTAL BRUT", je trouve le double de ce que l'entreprise trouve.

Je ne sais pas si cela est assez clair. Merci de votre aide :)