Partenaire enceinte mais séjour étudiant perdu

Bonjour, je suis travailleur avec une carte résident de 10 ans. J'ai appris récemment que ma partenaire étudiante étrangère en Union européenne est enceinte et donc j'envisage assumer ma responsabilité bien qu'on en était pas encore au mariage ou autre. Le souci est qu'entre temps on lui refuse le renouvellement de titre de séjour étudiant dans son pays d'accueil pour des motifs scolaires ce qui entraînera une perte de sa mutuelle et une complication de son suivi. Je voudrais savoir comment rendre possible son suivi en France. Par ailleurs j'ai une demande de naturalisation en cours, Est-ce que cette situation pourrait l'impacter négativement ?
Merci par avance des potentiels retours