Congé payé non payé car pris en retard .

Bonjour, en mai et juin 2019 j'ai pris des congés posé en mars 2019,au total 15 jours (congés de l'année 2018/2019). Je n'ai pas été payé car d'après la caisse des congés payé Pro Btp j'aurais dû les prendre avant le 31 avril, hors ni moi ni mon patron n'était au courant de ceci.
La seule solution est de donné un arrêt de travail sur les dates concerné.
Ma question est; la caisse des congés payé va t'elle vérifié que l'arrêt a été déclaré à la secu ?
Cordialement.