Solde de tout compte non conforme ?

Bonjour,

Depuis le 03/09/18 j'étais en CDD dans une entp jusqu'au 31/07/19 dans le cadre d'une alternance.
Je n'ai jamais été payé ni des heures supplémentaires que j'ai fait ni de mon forfait de transport depuis le 03/09/18.
J'ai reçu mon STC hier (et d'ailleurs pas en RAR mais lettre suivie) et il n'y a que les indémnités de congés payés mais il n'y a pas le remboursement du transport.
Je souhaiterai contester le reçu de STC pour les frais de transport qu'il manque mais également pour les heures supplémentaires que je n'ai jamais eu mais le seul problème c'est que je n'ai aucune preuve que j'ai fait des heures supp.

La question c'est comment puis-je contester les frais de transport qu'il manque et les heurs supp sachant que je n'ai aucune preuve ?
Et est-ce que je peux quand même encaissé le chèque avec lequel j'ai été payé ?

Merci à vous.