Remboursement de trop perçu

Bonsoir,
Je suis dans la fonction publique et à 19h annualisées par semaine.
Pendant 3 ans, j'ai assuré la gestion des TAPS en effectuant 6h de plus par semaine payées au taux normal. N'aurais-je pas dû avoir des heures majorées ? Et aujourd'hui, mon employeur me demande de lui rembourser un trop perçu concernant l'année scolaire 2015/2016 car j'ai soi-disant touché un double paiement de ces heures....
Quelqu'un peut-il m'apporter des réponses ? N'est-il pas trop tard pour me réclamer quoique ce soit, n'y a-t-il pas prescription ?
Je vous remercie pour vos réponses