Occupation et indemnité après fin de bail

Bonjour,
J'ai libéré l'appartement que j'occupais depuis 10 ans il y a un mois.
Le bail se terminait le 14 juin 2017 mais je n'ai malheureusement pas réussi à trouver un logement avant la date butoir et j'ai occupé les lieux un an de plus en continuant à payer mon loyer d'avance (terme echoir) comme stipulé sur le bail.
J'ai règle en totalité le mois de juin alors que je suis partie avant la fin de mois. L'agence me réclame le loyer du 1er au 24 juin alors que j'ai réglé le mois complet. Ils me disent que comme j'ai occupé les lieux après la fin du bail, le paiement passe obligatoirement en terme échu.
Mais je suis à jour dans les paiements, il y a même un trop perçu d'une semaine du coup.
Que puis je faire ? Sont il dans leur droit ?
Dois je régler à nouveau une indemnité alors que c'est eux qui me doivent une partie du loyer ?

En sachant que lorsque je les ai appelés il y a deux jours, rien de cela n'avait été mentionné ils m'ont dit qu'eux aussi avaient bien le bail en terme echoir mais que la propriétaire avait soit disant des documents stipulants un changement de bail alors que je n'ai reçu aucun avenant et rien signé.

Merci d'avance pour vos réponses.