Revenus pris en compte dans la prime d'activité

Bonjour,
J'ai une question qui concerne un salarié d'une association.
Le salarié effectue des déplacements dans le cadre de son travail.
L'association soit met à disposition un véhicule de fonction pour effectuer ces déplacements,soit quand cela n'est pas possible,le salarié utilise son propre véhicule et l'association applique un barème de frais kilométriques (des impôts) qu'elle verse aux salariés en fonction du nombre de kilomètres effectivement parcouru (du siège de l'association au lieu défini).( il n'y a pas de prise en charge des kilomètres du lieu de résidence au siège de l'association).
Ces frais sont portés sur le bulletin de salaire et son ajoutés au salaire net sur une ligne intitulée : frais professionnels.

Je voulais savoir pour le calcul de la prime d'activité si :seul le salaire net devait être déclaré ou s'il fallait aussi déclarer le montant de ces frais professionnels perçus à la place de l'utilisation d'un véhicule de fonction.
merci de votre réponse,
Sincères salutations,
Soce